Prima mentiune despre propunerea de înfiintare a unei Episcopii, cu aria de acoperire a parohiilor ortodoxe din Arcul intracarpatic, dateaza din perioada interbelica. Astfel, în primavara anului 1936, primaria municipiului Târgu Mures a propus înfiintarea unui vicariat ortodox pentru credinciosii din “secuime” cu sediul în acest oras.
Dupa decembrie 1989, pe fondul framântarilor existente în viata credinciosilor din judetele Covasna si Harghita, a fost reluata propunerea de înfiintare a unei Episcopii în zona, de catre mai multe personalitati laice si bisericesti si de catre reprezentantii societatii civile românesti din judetele Covasna si Harghita.
Între anii 1990-1994, conducerile asociatiilor Liga cultural-crestina “Andrei Saguna” din Sfântu Gheorghe si Fundatia cultural-crestina “Miron Cristea” din Miercurea-Ciuc întreprind numeroase demersuri pentru sprijinirea Bisericii Ortodoxe din zona (dezbateri, memorii, un film documentar – care a fost vizionat si de catre membrii Sf. Sinod), formulând propunerea de înfiintare a unei eparhii, inclusiv în cadrul unor audiente la Fericitul Parinte Teoctist, Patriarhul României, la Înaltpreasfintitul Antonie Plamadeala, Mitropolitul Ardealului, la Presedintele României, Ion Iliescu si la Adrian Nastase, Presedintele Camerei Deputatilor.
La data de 11 ianuarie 1994, Adunarea Nationala Bisericeasca a hotarât înfiintarea unei noi Eparhii a Bisericii Ortodoxe Române, în judetele Covasna si Harghita. În zilele de 14-16 ianuarie 1994, la Alba Iulia si Sibiu, se reunesc, în sedinte extraordinare, Consiliile Eparhiale ale Episcopiei de Alba Iulia, de care apartinea judetul Harghita, si ale Arhiepiscopiei Sibiului, de care apartinea judetul Covasna, care hotarasc desprinderea celor doua judete de Episcopiile carora le apartineau si cuprinderea lor în noua Episcopie. La Tusnad-Bai, în 17 februarie 1994, este organizata o întrunire la care au participat: Î.P.S. Antonie, P.S. Andrei, Victor Opaschi consilier prezidential, Valer Dorneanu -ministru pentru relatia Guvernului cu Parlamentul, Octav Cozmânca – seful Departamentului pentru Administratia Publica Locala, Gheorghe Vladutescu – secretar de Stat, Adrian Vlad Casuneanu si Ioan Doru Vosloban – prefectii judetelor Covasna si Harghita, pr. Constantin Gane si pr. Gheorghe Ratulea, protopopii celor doua judete, Ioan Solomon, Ioan Mugur Topolnitchi, Sabin Calinic si Ioan Lacatusu, din partea asociatiilor cultural-crestine locale.
Pe baza hotarârilor luate de Adunarile Eparhiale ale Arhiepiscopiei Sibiului si Episcopiei de Alba Iulia, în 22 – 23 martie 1994, Sfântul Sinod al BOR a aprobat organizarea si delimitarea teritoriala a Episcopiei Covasnei si Harghitei, cu sediul la Miercurea-Ciuc, pentru cei aproximativ 100 000 de credinciosi ortodocsi, reprezentând 25% din populatia totala a judetului Covasna si 15% din populatia totala a judetului Harghita.
În prezenta Î.P.S. Antonie si P.S. Andrei, în 31 mai 1994, la Catedrala Ortodoxa din Miercurea-Ciuc s-a constituit Adunarea Eparhiala a Episcopiei Ortodoxe a Covasnei si Harghitei. Ca urmare a demersurilor întreprinse de prefectii celor doua judete, Adrian Casuneanu-Vlad si Ioan Doru Vosloban, pentru asigurarea conditiilor necesare înfiintarii si functionarii Episcopiei Ortodoxe a Covasnei si Harghitei, prin Hotarârea Guvernului României, semnata de Prim-ministrul Nicolae Vacaroiu, i s-a atribuit imobilul proprietate de stat (Hotelul Oltul), situat în Miercurea-Ciuc, str. 1 Mai (azi strada Patriarh Miron Cristea).
În 12 iulie 1994, Colegiul Electoral Bisericesc a procedat la alegerea întâistatatorului nou înfiintatei Episcopii a Covasnei si Harghitei, cu sediul la Miercurea-Ciuc, sufragana a Mitropoliei Ardealului, în persoana P.C. Arhimandrit Ioan Selejan, Superiorul Asezamintelor românesti de la Ierusalim si Iordan.
La sarbatoarea si praznicul Sfântului Prooroc Ilie Tesviteanul, în 20 iulie 1994, la Manastirea “Sfântul Ilie” din Toplita, ctitorie a patriarhului Miron Cristea, s-a savârsit hirotonia P.C. Arhimandrit Ioan Selejan ca Episcop al Episcopiei de Covasna si Harghita. În sobor, au slujit Î.P.S. Antonie – Mitropolitul Ardealului, Î.P.S Nestor – Mitropolitul Olteniei, P.S. Andrei – Episcopul Alba Iuliei, P.S Ioan – Episcopul Oradiei, P.S. Emilian – Episcopul Caransebesului, P.S. Calinic – Episcopul Argesului, P.S. Vincentiu – Episcop vicar patriarhal, ca delegat al P.F. Teoctist – Patriarhul României, 34 de preoti si 10 diaconi. Momentul s-a încheiat cu înmânarea de catre Î.P.S. Antonie a însemnelor arhieresti.
Duminica, 25 septembrie 1994, a avut loc, la Miercurea-Ciuc, instalarea primului episcop al noii Episcopii a Covasnei si Harghitei, în persoana Prea Sfintitului Ioan Selejan. Sfânta Liturghie a fost savârsita de Prea Fericitul Parinte Teoctist, Patriarhul României si Prea Fericitul Partenie al Alexandriei – aflat în vizita în tara noastra – cu un mare sobor de mitropoliti, arhiepiscopi, episcopi, preoti si diaconi.
În luna mai 1998, a fost aleasa cea de-a doua Adunare Eparhiala, membrii Consiliului si Consistoriului eparhial si membrii în Adunarea Nationala Bisericeasca, din partea Episcopiei Ortodoxe a Covasnei si Harghitei. În luna mai 2002, a fost aleasa cea de-a treia Adunare Eparhiala, membrii Consiliului si Consistoriului eparhial si membrii în Adunarea Nationala Bisericeasca, din partea Episcopiei Ortodoxe a Covasnei si Harghitei. În luna iunie 2006, a fost aleasa cea de-a patra Adunare Eparhiala, membrii Consiliului si Consistoriului eparhial si membrii în Adunarea Nationala Bisericeasca, din partea Episcopiei Ortodoxe a Covasnei si Harghitei.
Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române, întrunit în ziua de 12 septembrie 2007,în sedinta extraordinara, si-a desemnat candidatii pentru demnitatea de Patriarh al Bisericii Ortodoxe Române. Cei trei ierahi nominalizati au fost: ÎPS Daniel – Mitropolitul Moldovei si Bucovinei si Loctiitor de patriarh al Bisericii Ortodoxe Române, ÎPS Bartolomeu – Mitropolitul Clujului, Albei, Crisanei si Maramuresului si PS Ioan – Episcopul Covasnei si Harghitei.
Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române, în zilele de 18 -19 iunie 2009 a hotarât ridicarea la rangul de Arhiepiscop al Preasfintitului Ioan Selejan, pentru “activitatea ierarhica pilduitoare si slujire chiriahala deosebita si îndelungata a Bisericii”.
